南京玄奘寺位于南京城区九华山，北临玄武湖，东接太平门，西邻台城。九华山又名覆舟山，山形狭长，顶呈平行，《寰宇记》记载：周围三里，高三十丈，东接青溪，北临真武湖，状如覆舟，因以为名。后因山南山麓建有小九华寺，遂亦名小九华山，简称九华山。

　　东晋在覆舟山南建起了中国第一座皇家建筑——北郊坛，辟有药圃，种植芍药供宫廷用药。宋文帝刘义隆于元嘉年间，将药园垒、西池、北郊坛合并，辟为乐游苑，成为六朝盛极一时的皇家园林。

　　南朝时期，一些文人和贵族曾禊饮于乐游苑，著名文人鲍照、颜延之、谢灵云、范晔、沈约，以及唐代的大诗人李白等曾在此活动，留下了绮丽的诗篇。“息雨清上郊，开云照中悬。游轩越丹居，晖烛集凉殿。凌高跻飞楹，追焱起流宴。抵苑含灵群，岩庭藏物变。明辉烁神都，丽气冠华甸。目远幽情周，醴洽深恩遍。”鲍照的这首《侍宴覆舟山诗》，便是当时皇家园林内歌舞宴乐的写照。

　　宋孝武帝刘骏在此建造正阳、林光殿，在山阴处凿藏冰井。《首都志》记载：“陈氏立国，更加修葺，宣帝立甘露亭。苑内有西池，以名游乐池，上有藏冰井，此山又有白水苑，阆风亭、瑶台诸胜。”奇石妙水，名花佳卉，楼台亭阁及一些娱乐设施，布置于山上，殿阁玲珑，花团锦簇，成为六朝宫阙的代表之作。”

　　覆舟山下曾建有青园寺、法轮寺、青园尼寺。宋元嘉年间(424—453)，高僧竺道生来此寺居住、修行。其年夏雷震寺，中佛殿龙升于天，光照西壁，青园寺遂改为龙光寺。时人叹息：“龙既已去，生必行矣。”到宋景平元年(423)，佛驮什于此寺译经。此外，在覆舟山之阳还有征南将军、荆州刺史山简之墓。

　　我国著名的科学家祖冲之，曾在乐游苑内装置过精巧实用的水碓磨，创制了使用机械开动的“日行千里车”，改造了古代的指南车。

　　覆舟山因处台城之北，西边紧邻皇宫，东面是战略要地龙尾坡(今富贵山)，同为宫城屏障，军事要隘，成为兵家必争之地。东晋时这一带曾发生过数次重大战役，有苏峻之乱、桓玄篡晋、侯景之乱，以及隋兵渡江伐陈。作为皇家园林的乐游苑在战乱中遭遇焚毁。

　　隋唐宋元以降，覆舟山风光不再，昔时的胜景，成了人们谈论、追忆的话题。

　　民国时期，九华山再次成为人们关注的焦点。1942年初冬，日本侵略者在雨花台大报恩寺三藏塔遗址挖到一石函，记载了唐代高僧玄奘顶骨舍利来南京安葬的经过。日军想占为已有，在南京人民的抗议下，日军将玄奘部分舍利归还给南京人民，1943年底，汪伪政府在九华山上建了一座砖塔，供奉玄奘的顶骨舍利，得名三藏塔。

　　到了1949年前，九华山已是一片凋零，“楼台荒废难留客，林木飘零不禁樵”。全国解放后，南京市人民政府，为了保护风景园林，名胜古迹，在九华山上广植树木，1956年辟为九华山公园。1964年园林部门拨款重建倒塌成废墟的小九华寺，“文革”又遭破坏。1978年在原有旧址上建造了九华山茶社，并新建了九华山庄。1981年后，又相继恢复了甘露亭、阆风亭等景点和建筑。

　　2003年，南京市玄武区政府及区建设局在小九华山重修寺庙，命名为玄奘寺，由栖霞古寺监院传真法师住持管理，南京市佛教协会会会长真慈大和尚为方丈。

　　目前，玄武区政府和区建设局在九华山景区投资已超过2000万元，更新了山林植被，新植草坪2000平方米、梅花2000株，栽植了牡丹、芍药、玉簪、牡金、桃叶、珊瑚等近百种具有观赏性的药用植物。

　　玄奘寺掩映在绿树环抱之中，走进九华山、玄奘寺，宛如进入了城市山林，绿树成荫，梵音佛影，环境幽雅，意境深邃。深厚的文化底蕴和良好的生态环境，使九华山景区以“九华丹青”的景点，入选南京新四十景之一。

　　随着山下古城墙的修复，钟山风景区也延伸到玄奘寺，明城墙宛如一条玉代，将沿线的台城、鸡鸣寺、玄武湖、武庙闸、九华山、玄奘寺等名胜古迹，串连在一起，形成了一条具有深厚文化底蕴，集中南京六朝文化、明代文化、民国文化特点的黄金游线。