南京毗卢寺，位于南京市汉府街4号，始建于明嘉靖年间(1522-1566)，因寺中供养毗卢遮那佛，初名毗卢庵。原一小庵，清咸丰年间毁于兵火，后有僧量宏创一佛殿。清同年间，曾国荃游南岳衡山齐公岩，与海峰法师有戏约“如我督两江，为您造庵。”海峰即立誓代他管理天下名山。海峰，江苏镇江人，客居湖南。清光绪十年(1884年，曾国荃任两江总督，招海峰至南京择地造寺，经与量宏商量，在原毗卢庵址建寺。湘军诸将捐巨资建大雄宝殿、万佛楼和藏经楼等，将原毗卢奄旧址周边扩大，东至清西河，西至大悲巷，北至太平桥，南至汉府街，遂改庵为毗卢寺，为南京第一大寺，方丈海峰，屈十方传法系寺庙。海峰下有方丈寄禅、芳田。光绪二十八年后有方丈显文(字印魁)、舣波、古昙、广明等。光绪中叶至宣统初年，印魁显文祖住持开展禅学研究。宣统元年(1909)，请谛闲大师来寺主讲天台宗教义。民国元年(1912)，方丈瑞生，传天台宗。同年，太虚在毗卢寺筹办中国佛教协进会(在镇江金山寺开成立大会)，从事讲学和教务活动。民国8年，瑞生举行圆通大戒,受戒弟子中有比丘90人，比丘尼30人，男居士18人，女居士29人。同年，瑞生圆寂，由观同、务道相继任方丈。主要建筑有山门、天王殿、大雄宝殿、观音殿、万佛楼、藏经楼、毗卢殿、塔院、法堂、斋堂等。

　　毗卢寺现任住持：传义法师。万佛楼供奉鎏金铜佛像3000尊，高约10厘米，楼中还造有药师塔，楼顶有观音“三十二应身彩塑像”。民国20年4月，中国佛教会会址由上海迁往南京毗卢寺，由太虚、仁山、王一亭、谢铸陈等常委主持会务。民国28年，寺僧务道于寺内创办毗卢佛学院。抗日战争时期，南京被日寇占领，中国佛教会迁往陪都重庆，汪伪傀儡政府警卫处通讯队在住此，1941年，日本人赠送桧木雕11面观音像1尊，高11米，把原禅堂扩建，后墙加高，改名观音楼，供奉东来观音大士，由栖霞寺僧大本至日本迎请，桧木产自台湾阿里山。1945年春，毗卢寺传授三堂大戒，峻岭任方丈兼得戒师。抗日战争胜利后，中国佛教会和中华佛学研究会，由陪都重庆迁回南京毗卢寺，太虚住会办会。民国35年4月28日，太虚在毗卢寺召开中国佛教整理委员会常务委员会议。同年9月，中国宗教徒联谊会由南京卧佛寺迁至毗卢寺，常务理事长太虚和总干事长卫立民住会办公。同年，由中国宗教徒联谊会理事、佛教居士、民国政府最高法院院长、中央国医馆馆长焦易堂，中国宗教徒联谊会总干事长卫立民，南京市名中医张简斋、隋翰英、施今墨、时逸人、药材公司王九香等20余人发起筹建首都中医院于南京毗卢寺，方丈峻岭和退居老和尚务道协商，捐地两亩，不久在毗卢寺成立董事会，公推于佑任为董事长，焦易堂等为董事。民国36年5月26日，在南京毗卢寺召开全国佛教代表会议，推举章嘉活佛为中国佛教会理事长，江都雪嵩法师任秘书长。民国37年，首都中医院正式在南京毗卢寺召开成立大会。由施今墨负责医药业务，张筒斋、隋翰英、施今墨、时逸人到院应诊，并举办了中医进修班，招收学员数十人，为国家培养了一批医务人才。民国时期，毗卢寺为南京名刹之一。

　　1949年4月27日，方丈峻岭离任赴上海，由映澈法师继任。1950年，首都中医院由南京市卫生局接管，原地址归居民区使用。1955年中国国务院周恩来总理陪缅甸吴奴总理来毗卢寺参观、访问、拜佛。1956年，接待世界佛教代表团。1966年起的“文化大革命”中，僧众被赶出庙门，房屋殿堂被江苏无线电厂占用，万佛楼3000鎏金铜佛全部散失，11面观音桧木雕像被拆毁送南京工艺雕刻厂另作它用。1998年，长发集团出巨资将江苏无线电厂迁走。同年10月13日，西半部殿堂交传义等僧众管理，恢复正常宗教活动，东半部地址由长发集团开发利用。